Toda la fauna de la selva tropical húmeda sudamericana está presente en la Selva Amazónica. Existen en ella innumerables especies de plantas todavía sin clasificar, miles de especies de aves, innumerables anfibios y millones de insectos.
En el Amazonas pueden encontrarse grandes mamíferos como el jaguar, el puma, la danta y los venados. Reptiles como tortugas, caimanes, babillas y serpientes, como la famosa anaconda, también lo habitan. Hay aves (entre las que se destacan el guacamayo, el tucán, el águila arpía, etc.) y peces de todas las especies, plumajes y escamas, también en sus aguas vive el Delfín Rosa o rosado. En las lagunas a lo largo del Río Amazonas florece la planta Victoria amazonica, cuyas hojas circulares alcanzan más de un metro de diámetro.
Es tan amplio su aporte en especies de peces y plantas acuáticas que enumerarlas ocupa muchísimo lugar.
Para los aficionados al acuarismo, se trata de la fuente que provee la mayor cantidad de especies piscícolas que hoy en día pueblan los comercios y acuarios del planeta. Un 20% de las especies mundiales de aves y plantas se halla en el bosque amazónico, cada año desaparecen más de 2000 especies.
La Amazonía Peruana es una de las regiones de mayor riqueza biológica del mundo, pues la presencia de diferentes pisos altitudinales que posee en su unión con la Cordillera de los Andes, origina gran cantidad de zonas aisladas (Gorobeto) y, por lo tanto, un alto índice de endemismos.
La Selva Baja, conocida también con el nombre de región Omagua, walla, anti, bosque tropical amazónico o cuenca amazónica. Esta ecorregión es la más extensa del Perú, se alza entre 80 a 400 msnm. De clima muy cálido su temperatura media es de 28°C, alta humedad relativa (superior al 75%) y gran cantidad de precipitaciones pluviales. Sus suelos son muy heterogéneos, pero casi todos son de origen fluvial y debido a las altas temperaturas y altas precipitaciones poseen pocos nutrientes. Destaca la presencia de grandes y caudalosos ríos como el Amazonas, Ucayali, Marañón, Putumayo, Yavarí, Napo, Tigre y Pastaza.
La Selva Alta, también llamada Rupa-Rupa, ceja de selva, ceja de montaña, o bosques lluviosos de altura. Esta ecorregión se extiende en las estribaciones orientales de la Cordillera de los Andes, entre los 400 a 1000 msnm. Sus temperaturas son cálidas en las partes bajas y frías en las partes de mayor altura. La fauna es de origen amazónico con muchos endemismos (seres vivos que sólo habitan en dicho lugar mas no en otro en el mundo), debido al factor aislamiento, ocasionada por la orografía accidentada de esta zona.
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